酵母菌的生殖方式分无性繁殖和有性繁殖两大类。

无性繁殖包括：芽殖，裂殖，芽裂。

有性繁殖方式：子囊孢子。

芽殖：这是酵母菌进行无性繁殖的主要方式。成熟的酵母菌细胞，先长出一个小芽，芽细胞长到一定程度，脱离母细胞继续生长，而后形成新个体。有多边出芽、两端出芽、和三边出芽。

裂殖：少数种类的酵母菌与细菌一样，借细胞横分裂而繁殖。

芽裂：母细胞总在一端出芽，并在芽基处形成隔膜，子细胞呈瓶状。这种方式很少。

子囊孢子：在营养状况不好时，一些可进行有性生殖的酵母会形成孢子（一般来说是四个），在条件适合时再萌发。一些酵母，如假丝酵母（或称念珠菌，Candida）不能进行有性繁殖。